По данному вопросу мы придерживаемся следующей позиции:
При оформлении счета-фактуры по операциям, освобождаемым от обложения НДС, заполнять итоговые данные по графе 8 «Сумма налога, предъявляемая покупателю» в строке «Всего к оплате» необязательно.

Обоснование позиции:
Согласно п. 1 ст. 169 НК РФ счет-фактура является документом, служащим основанием для принятия покупателем предъявленных продавцом товаров (работ, услуг, имущественных прав) сумм НДС к вычету в порядке, предусмотренном главой 21 НК РФ.

Счет-фактура, составленный с нарушением требований, установленных п.п. 5, 5.1 и 6 ст. 169 НК РФ, лишает покупателя права на вычет по такому счету-фактуре (абзац 1 п. 2 ст. 169 НК РФ).

Форма счета-фактуры и порядок его заполнения, формы и порядок ведения журнала учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж установлены постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137 (далее — Постановление N 1137, п. 8 ст. 169 НК РФ).

В Приложение N 1 к Постановлению N 1137 утверждена форма счета-фактуры, а также правила его заполнения (далее — Правила).

В соответствии с пп. «з» п. 2 Правил по операциям, перечисленным в п. 5 ст. 168 НК РФ, в графу 8 «Сумма налога, предъявляемая покупателю» счета-фактуры вносится запись «без НДС».

Согласно п. 5 ст. 168 НК РФ при реализации товаров (работ, услуг), операции по реализации которых не подлежат налогообложению (освобождаются от налогообложения), а также при освобождении налогоплательщика в соответствии со ст. 145 НК РФ от исполнения обязанностей налогоплательщика, расчетные документы, первичные учетные документы оформляются и счета-фактуры выставляются без выделения соответствующих сумм НДС. При этом на указанных документах делается соответствующая надпись или ставится штамп «Без налога (НДС)». Отметим, что указанной нормой не определено, в каком конкретно месте делается эта надпись (ставится штамп).

Итак, в рассматриваемом случаи университет должен выставлять покупателям услуг счета-фактуры с надписью «без НДС» в графе 8.

На основании п. 5 Правил строка «Всего к оплате» заполняется для составления книги покупок, книги продаж, а в случаях, предусмотренных приложениями N 4 и 5 к Постановлению N 1137, — для составления дополнительных листов к книгам покупок и книгам продаж.

Заметим, что в книге покупок, в частности, в графе 12 указывается по полученному счету-фактуре итоговая стоимость покупок, освобождаемых от налога на добавленную стоимость, а подведенные итоги за каждый квартал по графе 12 используются при составлении налоговой декларации по НДС (пп. «ч» п. 6 и п. 7 Приложения N 4 к Постановлению N 1137).

Регистрации в книге продаж подлежат составленные и (или) выставленные счета-фактуры (в том числе корректировочные) во всех случаях, когда возникает обязанность по исчислению налога на добавленную стоимость в соответствии с НК РФ, в том числе при отгрузке товаров (выполнении работ, оказании услуг), передаче имущественных прав, получении оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав, получении средств, увеличивающих налоговую базу, выполнении строительно-монтажных работ для собственного потребления, передаче товаров (выполнении работ, оказании услуг) для собственных нужд, возврате принятых на учет товаров, а также при исполнении обязанностей налоговых агентов и осуществлении операций, не подлежащих налогообложению (освобождаемых от налогообложения) (п. 3 Приложения N 5 к Постановлению N 1137).

В частности, в графе 9 книги продаж указывается по выставленному счету-фактуре итоговая стоимость продаж, освобождаемых от налога на добавленную стоимость, а подведенные итоги за каждый квартал по данной графе используются при составлении декларации НДС (пп. «ф» п. 7 и п. 8 Приложения N 5 к Постановлению N 1137).

Иными словами, при регистрации счетов-фактур, выставленных по освобождаемым от НДС операциям, в книге покупок и книге продаж требуется указывать только итоговую стоимость покупки либо продажи, без выделения (указания) суммы НДС. То есть в данном случае в книгу покупок и книгу продаж вносятся итоговые данные счета-фактуры из строки «Всего к оплате» только по графе 5 «Стоимость товаров (работ, услуг), имущественных прав без налога — всего». Итоговые данные из граф 8 «Сумма налога, предъявляемая покупателю» и 9 «Стоимость товаров (работ, услуг), имущественных прав с налогом — всего» счета-фактуры не требуются для внесения в книги покупок и продаж. Поэтому мы считаем, что продавец при выставлении счетов-фактур в рассматриваемом случае не обязан заполнять эти графы.

Кроме того, оказываемые университетом услуги освобождены от НДС, сумма налога покупателю не предъявляется и к вычету им не заявляется, соответственно, у покупателя нет налоговых рисков в отношении вычетов по НДС, если итоговая строка графы 8 счета-фактуры не заполнена.

Обращаем внимание, что высказанная точка зрения является экспертным мнением. Учитывая отсутствие разъяснений официальных органов по рассматриваемой ситуации, рекомендуем университету на основании п. 1 ст. 34.2 НК РФ и п. 1 ст. 21 НК РФ воспользоваться правом налогоплательщика и обратиться в Минфин России или в налоговый орган по месту учета организации за получением письменных разъяснений по данному вопросу.

Ответ подготовил:
Эксперт службы Правового консалтинга ГАРАНТ
аудитор, профессиональный бухгалтер Федорова Лилия

Контроль качества ответа:
Рецензент службы Правового консалтинга ГАРАНТ
аудитор Монако Ольга