Рассмотрев вопрос, мы пришли к следующему выводу:
Законодательство не обязывает налогоплательщиков восстанавливать ранее принятые к вычету суммы НДС по используемым в производстве сельхозпродукции материальным ценностям (семенам, удобрениям, ГСМ и т.д.) в случае отсутствия урожая зерна из-за стихийного бедствия (засухи).
Налоговые органы и Минфин России считают иначе: поскольку указанные материальные ценности не используются для осуществления операций, признаваемых объектами обложения НДС, то ранее принятые к вычету суммы налога подлежат восстановлению и уплате в бюджет.

Обоснование вывода:
Основания для восстановления НДС перечислены в п. 3 ст. 170 НК РФ. В нем предусмотрено лишь три случая, когда сумма налога, принятая к вычету, подлежит восстановлению налогоплательщиком:

• передача имущества, нематериальных активов и имущественных прав в качестве вклада в уставный (складочный) капитал хозяйственных обществ и товариществ или паевых взносов в паевые фонды кооперативов;
• использование товаров (работ, услуг), основных средств и нематериальных активов, и имущественных прав для осуществления операций по производству и (или) реализации (а также передаче, выполнению, оказанию для собственных нужд) товаров (работ, услуг), не подлежащих налогообложению (освобожденных от налогообложения); операций по производству и (или) реализации товаров (работ, услуг), местом реализации которых не признается территория РФ; операций по производству и (или) реализации товаров (работ, услуг), реализация (передача) которых не признается реализацией в соответствии с п. 2 ст. 146 НК РФ. Исключение составляет передача имущества, нематериальных активов и имущественных прав в уставный капитал, передача перечисленных объектов правопреемнику (правопреемникам) при реорганизации юридических лиц, а также передача имущества участнику договора простого товарищества (договора о совместной деятельности) или его правопреемнику;
• перечисление покупателем сумм оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав.

Приведенный перечень является закрытым. В случаях, которые прямо в нем не упомянуты, восстанавливать НДС не требуется. По нашему мнению, именно таким образом следует толковать п. 3 ст. 170 НК РФ.
О необходимости восстанавливать к уплате ранее возмещенный из бюджета НДС по товарам (работам, услугам), предназначенным для производства продукции, которая в результате стихийных бедствий не была произведена, в указанном перечне не сказано.
Такая позиция поддержана судами. Так, ФАС Западно-Сибирского округа указал, что налоговым законодательством не предусмотрена обязанность налогоплательщика восстанавливать к уплате в бюджет суммы, ранее возмещенные из бюджета, по материальным ценностям, предназначенным для производства сельхозпродукции, которая в результате стихийных бедствий была недополучена (постановления от 28.03.2007 N Ф04-1732/2007 (32815-А45-14), от 28.06.2006 N Ф04-2994/2006 (22816-А45-25)).
Налоговые органы и Минфин России трактуют п. 3 ст. 170 НК РФ иначе и продолжают настаивать на том, что если приобретенные товары (работы, услуги) в конечном счете не участвовали в деятельности, облагаемой НДС, то налог по ним должен быть восстановлен.
Так, Минфин России в письме от 01.11.2007 N 03-07-15/175 (доведено до сведения налоговых органов письмом ФНС России от 20.11.2007 N ШТ-6-03/899@) заявил, что восстанавливать НДС нужно во всех случаях выбытия имущества, когда это выбытие не связано с реализацией или безвозмездной передачей. К таким случаям чиновники относят выбытие в связи с потерей, порчей, боем, хищением, стихийным бедствием и другое.
Такая же позиция по этому вопросу изложена и в письме Минфина России от 06.05.2006 N 03-03-04/1/421. В нем сказано, что поскольку выбытие товаров в связи с пожаром объектом обложения НДС не является, то такое выбытие должно относиться к операциям, приведенным в ст. 170 НК РФ, и НДС должен возмещаться.
Обратите внимание, что в этом же письме указано, что согласно пп. 6 п. 2 ст. 265 НК РФ полученные убытки должны быть отнесены для целей налогообложения прибыли к внереализационным расходам, в том числе и восстановленный НДС, но только при условии документального подтверждения факта стихийного бедствия и утраты имущества. В то же время пользоваться этим разъяснением следует с осторожностью, поскольку в письме УФНС по г. Москве от 15.01.2007 г. N 19-11/2462 сообщается, что налогоплательщик не вправе учесть в составе расходов при налогообложении прибыли восстановленный к уплате в бюджет НДС, ранее принятый к вычету.
Следует иметь в виду, что налоговые инспекторы на местах руководствуются в своей работе исключительно разъяснениями вышестоящих налоговых органов. Соответственно, при проведении налоговых проверок контролеры будут настаивать на восстановлении и уплате в бюджет сумм НДС по материальным ценностям (семенам, удобрениям, ГСМ и т.п.), предназначенным для производства сельхозпродукции, которая в результате стихийных бедствий была недополучена.

Ответ подготовил:
Эксперт службы Правового консалтинга ГАРАНТ
Сосновская Татьяна

Контроль качества ответа:
Рецензент службы Правового консалтинга ГАРАНТ
профессиональный бухгалтер Волкова Юлия

16 сентября 2010 г.

Материал подготовлен на основе индивидуальной письменной консультации, оказанной в рамках услуги Правовой консалтинг.